7月10日大明南北各地相继发生旱涝，灾情严重，先是黄河决堤水淹河南承宣布政使司开封府，再到河南府陕州、灵宝县，附近一带府州县大雨不止，漂没人畜不计其数。
北直隶京畿通州三卫大风大雨连绵，漂损漕米八千一百七十三石。
7月21日，江北蝗灾、陕西承宣布政使司大旱、江南大雨，据明户部右侍郎：孙丕扬，上奏称“黄河饥民食草木，陕西承宣布政使司富平县、蒲城县、同官县，等诸县皆食石头，今海内困于加派，请酌定岁用，清难裁之冗，息难支之民。”
明神宗见饥民以石为粮，立刻传令停止先年不时征取，并派遣官员分往各方进行救济。
11月初9日明建州左卫军民指挥使：爱新觉罗·努尔哈赤，在经过一年休养生息之后，还经常前去讨好大明辽东都指挥使司，向明太子太保兼辽东总镇总兵：李成梁，送礼以及把自己的长子：爱新觉罗·褚英，送去李总镇总兵府当做人质。
以此来保证建州左卫军民指挥使司听命于大明帝国，归属于辽东都指挥使司统辖区内，毕竟自己刚刚干掉了李太保要拥立的对象，明苏克素浒河部图伦城主：佟佳·布库录（汉名：尼堪外兰）对于这种极限挑战，要是没有把柄在别人手上，那么下一个被灭的，将会是建州左卫军民指挥使司。
所以这种密切的关系，使得明辽东总镇总兵：李成梁，很是看重。
他一方面继续实行大明帝国的政策，对于边疆外族采取「扶弱抑强」的做法，一方面又大力支持建州左卫军民指挥使司这个刚刚崛起的女真部族，作为铲除辽东都指挥使司女真各部势力的对象，称为〈以夷制夷〉攻略。
再加上之前明建州左卫军民指挥使又曾是自己府中的用人，故此双方也比较了解，可以互相利用。
明万历十六年公元1588年正月初9日，在湖广承宣布政使司黄州府蕲州有百姓：刘汝国，因之前参加梅堂军领导的农民造反事件，又在梅堂军首领：王安，被杀之后继任首领。
现在被明军追捕潜逃到了湖广承宣布政使司黄州府，与南直隶安庆府太湖县、宿松县，一带地区重新集结力量抗明，自称为「顺天安民王」。
恰好时值旱灾，饥民多数从之，队伍迅速发展到了数万人，以焚烧官府、驿站，劫掠富商乡绅田产粮食为生，用来救济广大饥民，并与官军展开殊死搏斗。
先后杀死明安庆卫指挥使：陈越、明黄州府判官：陈策，使得朝廷惶恐不安！遂命令湖广都指挥使司各地卫所和南直隶五军都督府调集大批军队，分兵进剿围攻梅堂军。
2月初3日，梅堂军首领：刘汝国，被明军围困在安庆府地区，让太湖县乡兵：张惟忠，给抓获献俘明军斩于安庆卫指挥所，部众二百五十余人全部遇难，此次梅堂军造反失败。
7月21日晚上戌时，南直隶苏州府、松江府，等地东风怒卷，导致太湖水涨潮高达二丈，大风拔木仆屋，田禾皆被淹没。
7月27日以后又有大雨经旬，昼夜不绝，禾苗腐烂庐舍漂没，居民大饥，复又起大疫，迫使米价暴涨，斗米白银二钱、斗麦白银一钱。
时人啖糠屑，以豆饼作粥，继而又以草根树木为食，饥民尸体甚多，饿殍填塞，街巷濠堑浮死遍野，舟船皆不能行，城内外积骸如山。
朝廷不得不下发南直隶各部衙门库银，用来赈灾安民以定人心。
9月20日，因明甘肃总镇总兵：刘承嗣，约束太严，时常鞭挞部下，饷银又不按时供给，惹得部众遂反抗起事，持刀欲杀明甘肃总镇巡抚：曹子澄，以此来要挟陕西行都指挥使司都司府发放军饷。
朝廷得知后立刻罢免了明甘肃总镇巡抚：曹子澄，和明甘肃总镇总兵：刘承嗣，的官职发放去陕西行都指挥使司肃州卫边疆。
10月初4日，明都察院右都御史兼总督河道：潘季驯，建议河防八事，上奏道“一；久任部臣，说水性有顺逆，河情有分合，地势有险夷，只有久任才能熟悉情况。二；责成长令，说理河如理家，今沿河州县长犹家长，调集夫役，备办物料，宜有专责，州府县官亦有总理之责。三；禁调官夫。四；预定工科。五；立法增筑。六；添设堤官。七；加帮填土。八；接筑旧堤。”
这八条治理黄河、长江，决堤之道均被明神宗批准录取。
明万历十七年公元1589年3月初9日，因以往被升任授的官员皆需要入朝觐见皇帝陛下，当面叩头谢恩。
然而久不视朝的明神宗：朱翊钧，却再一次令内官传旨道“奏对数多，不耐劳剧，不临朝视政。”
并传令免去在京升任授官的面谢礼，此后明神宗视朝越来越少！