其三；是内部不和，大明南军和北军的矛盾，从平壤府之战中，明蓟州镇左参将：吴惟忠，率蓟州镇步兵（北军）首先攻克了北门牡丹峰，而明京军神机营左参将：骆尚志，则率浙江都指挥使司步兵（南军）首先破城，就连李氏朝鲜王国的文献上也认为大明南军轻勇敢战，是破平壤府大捷的关键。
但是明东征提督：李如松，却在给朝廷上报的文书中，把破城的首功记在了自己的嫡系明东征左副总兵：杨元、明东征右副总兵：李如柏，这两位北军将领的头上，才招致了南军将领们的不满。
4月20日，明辽东经略：宋应昌，明东征提督：李如松，两人商议之后决定再派明御倭游击将军兼通事：沈惟敬，前往倭军大本营中议和。
临行前明辽东经略特意交待道“此间和议，汝既专主，吾不当欺李氏朝鲜，亦不敢诬朝廷，尔须率策士五人，领倭众归幕府，受关白降书以来，本部院得此，定会转奏，请旨册封关白为郡王，使之进贡，勿令误事。”
由此可见，明辽东经略赋予了明御倭游击将军与幕府交涉的目地，一是要求倭军从李氏朝鲜王国撤兵，二是要求幕府关白向大明帝国送来投降书。
而作为大明回报的条件，则是册封幕府关白：丰臣秀吉，为幕府国王〈大明郡王〉，同时准许幕府向大明帝国进行朝贡贸易。
恰好幕府关白也是这么想的，他觉得既然拿不下李氏朝鲜王国，又有地方战乱尸体没有处理爆发了疫情，还与明军们死磕也不是办法！只能采取休养生息之策，便也同意了双方再次议和。
这次和谈，在5月16日有了初步的结果，由于明辽东经略与明东征提督继续率军南下压境，驱除倭军出全罗左道南原郡、尚庆右道晋州牧，迫使倭军主力从庆州府釜山浦移驻到熊川郡西生浦。
为了不被明军追击，倭军方面同意释放被俘虏的李氏朝鲜庶长子临海大君：李珒，李氏朝鲜庶六子顺和大君：李??，这两位王子和李氏朝鲜兵曹判书：黄廷彧，等人。
同时幕府关白还派遣了幕府飞驒守：小西飞（内藤如安）跟随明御倭游击将军前来大明帝国落实议和事宜，但幕府关白开出的议和条件，却是要大明帝国嫁公主殿下入幕府成为幕府后阳成天皇：周仁，为皇妃。
以便于恢复大明、幕府之间的朝贡贸易，两国大臣为通好共立盟誓，在归还占据的李氏朝鲜王国北部四道，同时割让李氏朝鲜王国京畿左右道南半部和全罗左右道、忠清左右道、尚庆左右道，给幕府管理。
并且还要求李氏朝鲜宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，派遣王子以及一两位大臣到幕府为人质，另外李氏朝鲜重臣还要向幕府书写不违背和约的誓词。
没想到此举竟然被当朝的明兵部尚书：石星，给全盘默认答应了。
另一边在大明帝国的西南方，一股势力正在慢慢崛起，由于统治四川承宣布政使司播州宣慰使司7百多年的杨氏，早已是雄踞一方，而且此人好斗嗜血，还动辄杀戮村民，并巧取豪夺周边中小土司们的财物。
甚至因宠妾的诬告，又将自己的正妻：张春花，给斩杀了！让张氏的娘家〈五司七姓〉家族者们愤恨不已，以此为由，五司七姓家族们纷纷写奏折上报朝廷，向大明皇帝弹劾明播州宣慰使：杨应龙，之过错。
但都一一被朝廷给镇压下来了，毕竟抗倭需要军队，恰好明播州宣慰使又自告奋勇愿亲率五千播州军赴朝讨倭，以便将功赎罪，考虑正是用人之际，播州军又有强大的战力，所以明神宗万历帝：朱翊钧，才答应了他的请求。
可在得知倭军已被先期入朝的明军击溃，才让明播州宣慰使将功赎罪的希望泡汤，而他又认为整个四川都指挥使司的明军弱不经战，对此非常轻视，久欲占据整个四川承宣布政使司准备独霸一方。
他的居所全是雕龙饰凤，又擅用阉宦，俨然是一个土皇帝的行为了。
再加上朝廷又一而再，再而三的勘查，让他终于失去了耐心，他将前来勘问的朝廷官员一律轰了出去，并且抗命不出不配合调查。
于是明四川巡抚兼都察院左都御史：王继光、明固原卫总镇总兵：刘承嗣，分路出兵四川承宣布政使司准备强行拘捕明播州宣慰使。