于是叛贼首领就趁着官军暂未集结，而内地防守空虚之际，率重兵围攻了重庆府綦江县。
当地明军与之展开惨烈的守城战。
6月17日，明重庆卫游击将军：张良贤，在旧东溪堡与播州宣慰使司叛军遭遇，在这场遭遇战中，明军占据了上风。
6月20日，明重庆卫右参将、明重庆卫游击将军与播州宣慰使司叛军战于城下，各有伤亡，明重庆卫游击将军还被叛军包围了七层。
不过他幸运地杀出了重围，但命运却在第二天开始倒向播州宣慰使司叛军这方。
6月21日，叛贼首领率领数万兵马以众击寡，对綦江县城内实施铁壁合围，明重庆卫右参将亲自登上城楼，朝叛军施放火砖。
但很不幸的是〈火砖〉居然误入了火药桶内，导致明军士兵烧死数人，明重庆卫右参将本人也被烧伤了。
其中叛贼首领还率领军队，随即攻上城墙，与重庆卫守军进行巷战，明军力战不支，明军争先恐后从水上逃跑，这一点叛军们也看得很准。
眼看大势已去，于是明重庆卫右参将：房嘉宠，就杀死了自己的妻子，与明重庆卫游击将军：张良贤、明重庆卫百户：蒋光升，等人一道赴敌全部阵亡。
仅有明綦江县守备：胡汝宁，跳水溺亡。
播州宣慰使司叛军当即就占领了綦江县，又在播州军师：孙时泰，的建议下直取重庆府重庆卫，攻占了成都府，劫持明蜀恭亲王：朱奉铨，来为人质。
同时还用明蜀恭亲王来威胁明军，向地方守军传话说道“我只是为了扩张地盘，希望尔等回去转告朝廷，能够再次赦免我。”
然而叛贼首领却并没有长远的考虑，他只想争夺地盘，希望还像过去一样得到朝廷赦免，但在试过无效之后再加上明军不断集结，迫使他不得不撤离成都府放弃明蜀恭亲王。
并下令释放囚犯、劫财、放火、掳掠青壮男女，屠杀部分老弱居民，投尸入江，便挥师弃城而去。
在播州宣慰使司叛军铁蹄卷起的滚滚烟尘里，罹难者的尸体覆盖了江面，鲜血把江水染成了红色，县城外至大窝铺一百五十里范围内，百姓逃散，人烟绝迹……。
他在綦江县官坝堡、三溪堡、母渡堡、小河堡，等地纵兵抢劫，掳掠人口，强令部分老弱军民守营、少壮做搬运苦力，还强??暴妇女，反抗者均惨遭杀害。
在綦江县扶欢堡屠杀居民，尸横遍野，血流成河。不计其数的平民尸体顺江漂出，惨不忍睹！
随后叛军先屯兵于三溪堡，立界碑于三溪堡、母渡堡、东乡坝，之间声称所占土地为［杨氏宣慰使官庄］并声称；重庆府江津县、合州，乃是播州宣慰使司故土？
只因明军屯兵于重庆府南川县、泸州合江县一带，才让叛贼首领不敢贸然挺进。
10月初7日，明神宗得知消息事情后大怒，当即就下令剥夺明四川巡抚：谭希思、明贵州巡抚：江东之，职位，以明都察院右副都御史：郭子章，代替贵州巡抚一职，在以明湖广川贵总督：李化龙，代替四川巡抚一职。
并调明四川都指挥同知：刘綎、明大同总镇总兵：麻贵、明湖广总镇总兵：陈璘、明蓟州总镇总兵：董一元，南征众将统一划归到明湖广川贵总督兼四川巡抚：李化龙，的指挥下。
还命令明湖广川贵总督驻守四川承宣布政使司重庆府负责调度。
11月初9日，叛贼首领又屯兵官坝堡，声称窥蜀，然后悄悄回师东进，焚烧东坡烂桥，使得黄平安抚使司、贵州承宣布政使司石阡府龙泉坪长官使司，两处所在告急。
接着播州宣慰使司叛军，又进兵贵州都指挥使司偏桥卫，前去掠夺兴隆卫、镇远卫，打通黔楚线，后兵分五路攻破贵州承宣布政使司石阡府龙泉坪长官使司。
很快明湖广川贵总督兼四川巡抚，就商议要安置重兵万人，据守要害，以打通湖广承宣布政使司、贵州承宣布政使司通道。
但是明贵州总镇总兵：童元镇，却拥兵在铜仁府不敢上前，被革职戴罪立功，改由明四川总镇副总兵：李应祥，代替，还命明都察院右佥都御史：江铎，巡抚偏桥卫、镇远卫、镇远府，监视明偏桥卫指挥使：陈天宠，以防止他勾结播州宣慰使司叛军。