无奈之下明李选侍只能反击，她派遣宦官去召明皇太子：朱由校，入乾清宫议事，却被明顾命大臣：杨涟，所阻挡还严肃说道“殿下在东宫为太子，今则为天子，区区李选侍怎配召见天子？”
说完就怒目将前来传话的宦官给逼退。
9月初5日，眼见皇太子殿下登基大典将近，而明李选侍仍赖在乾清宫内不出，致使明顾命大臣心急如焚，又联络了诸大臣们聚集慈庆宫，要明内阁首辅：方从哲，带头请皇太子殿下下诏驱明李选侍移宫。
可怎奈明内阁首辅却不以为然地说道“迟亦无害。”
于是明顾命大臣则争辩道“昨日就以皇长子就东宫位，明日既为天子，乃反居太子宫以避宫人乎？”
不过当时还有人提出明李选侍乃是先帝的嫔妃，若逼之过急，是否有失体统？没想到明顾命大臣立即斥责道“诸臣皆受顾命于先帝，而先帝自欲先顾其子。”
并且表示“能杀我则已，否则，今日不移，死不去。”
其他大臣们见状亦纷纷赞言助之，此事还惊动了慈庆宫中的明皇太子，他当即就遣人让群臣们退去，但是明顾命大臣依旧不肯服从，还以一人之力拉拢群臣们，继续抗辩道“李选侍阳托保护之名，阴图专擅之实，宫必不可不移。”
就这样在明顾命大臣等大臣的坚持下，明皇太子只好下旨遣明李选侍即日移宫。
之后明李选侍接旨，得知败局已定，只好哭哭啼啼地迁出乾清宫。
次日，明皇太子：朱由校，在举行完所有祭祀仪式后，就在皇极殿内正式登基，即明熹宗，由于他父皇的年号「泰昌」本定于明年用的，但是现在却提前驾崩了！
所以经过内阁大臣们商议后，均一致认为大行皇帝在位期间不足一年，其年号不好记，于是就把万历四十八年的阳历8月，定为太上皇～明神宗最后一年，而阳历9月正式改元为〈泰昌元年〉以纪念先帝明光宗在位年号，并规定改次年年号为［天启元年］。
从先帝：朱常洛，驾崩到新皇：朱由校，登基，前后不过六日时间，明顾命大臣：杨涟，为辅佐皇太子殿下顺利登基而呕心沥血，几乎是夜夜不寝，史称（在六日内便须发尽白，帝亦数称忠臣也。）
9月初8日，明工科右给事中：惠世扬，弹劾明内阁首辅：方从哲，十大罪。
说道“独相七年，妒贤妒能，骄蹇无礼，失悮哭临；梃击青宫，庇护党奸；恣行胸臆，破坏丝纶，纵子杀人，蔑视宪典，沮抑官僚，蔽塞耳目；陷城失律，宽议抚臣；马上催督，致丧全师；徇情罔上，鼎铉贻羞；代营诸税，蠹国殃民。”
接着又弹劾方从哲无君罪三条，其一为徇郑皇贵妃、其二为受美珠欲封皇贵妃、三为代崔文升脱罪，
这两本奏折呈上去后，明熹宗：朱由校，看了之后认为明工科右给事中是在诬陷同僚？
9月10日，经过众大臣们商议后，终于得出了结果，决定上尊太上皇，谥号为『大明范天合道哲肃敦简光文章武安仁止孝显皇帝』庙号〈神宗〉而先皇谥号为〖为崇天契道英睿恭纯宪文景武渊仁懿孝贞皇帝〗庙号〔光宗〕。
另外由于太上皇灵柩还未下葬就在地宫加冰窖防止腐化，待完成后在葬于〔定陵〕至于先皇陵墓，因为其驾崩得太突然未曾设计。
于是便在昌平州天寿山陵内黄山寺二岭南麓，的明恭靖太子妃：郭氏、明王才人（明熹宗母后）陵墓前修建〈庆陵〉一起合葬陵寝。
并且还为明恭靖太子妃上尊号为『孝元昭懿哲惠庄仁合天弼圣贞皇后』以及为自己的母后明王才人上谥号为〖孝和恭献温穆徽慈谐天鞠圣皇太后〗并把神主牌位奉祀于奉先殿内。
9月13日，前任明辽东总镇总兵：李如柏，被罢官后整日待在府中，几乎日夜饮酒，为此就遭到了夫人：爱新觉罗·娜琪雅，的辱骂说“他娘的就不是个男人，为何不向朝廷解释清楚？整日饮酒干脆死了算了！”
而李如柏气不过就出府走走，不曾想街上百姓都对他指指点点，有说他勾结建奴的，有说他贻误军情的，还受到了文官弹劾臭骂，最后他经受不住打击，决定自杀以保存李家最后的颜面。
9月20日，明熹宗对于明皇太子东宫典膳：李进忠，这位从万历十七年就选入宫中，经过一番打拼后才结识了明司礼监秉笔太监：孙暹，在他的门下混到了甲字库太监名号。
当自己还是皇太孙时，李进忠，就伺候备至，导其游宴，甚得欢心，后又明司礼监右少监：魏朝，结拜为兄弟，并通过他为自己的生母明王才人办膳食。