就这样在明奉圣夫人：客印月，的有意作梗之下，还真就让明熹宗：朱由校，原本答应把「司礼监掌印太监」之位给明司礼监秉笔太监：王安，的但如今这个职位却给推没了。
再加上明惜薪司太监：魏忠贤，与明奉圣夫人对食后，就借着明奉圣夫人之力日益亲近明熹宗。
这时明奉圣夫人为了能够控制内廷事务，就劝明惜薪司太监想办法驱逐明司礼监秉笔太监，但明惜薪司太监却有所犹豫。
关键时候还是明奉圣夫人说了句“昔日西李（李皇贵妃）都曾被王安给倒打一耙，何况你我二人怎能比得上那西李？你根本就是在留后患！”
另一边明都察院右佥都御史兼广宁卫巡抚：王化贞，此刻正在广宁卫、广宁中卫、广宁左卫、广宁右卫，等处招集从都司府辽阳卫散亡下来的军民，并激励士民们，还联络西部的漠南蒙古各部，才让人心稍微稳定一点。
明辽东总镇巡抚兼暂代辽东总镇经略：薛国用，也看重他的能力，还替他上奏朝廷，对此朝臣们都觉得其有才，对其所奏请无不批准。
6月初6日，熊廷弼来朝复命了，首先请停止之前言官们的贬谪，被明熹宗给拒绝，并又提出分三方布置的策略，说道“广宁卫当用马步兵在三岔河上设立壁垒，凭借山川形势打击敌人，以牵制敌人的全部兵力，而天津卫、天津左卫、天津右卫、登州卫、莱州卫，各港口则应设置水师船队，乘虚打入敌人南方的驻地，动摇他们的军心，这样敌人势必就会有内顾之忧，如此辽阳卫就可以收复了。”
于是各官员们就在讨论登州卫、莱州卫，设立何人为巡抚之事？像天津三卫一样，首先由陶朗先充任，而山海卫特设经略一人管辖一方，统一事权。
接着明熹宗就封熊廷弼，为［兵部尚书兼都察院右都御史］驻扎在山海卫，负责经略辽东都指挥使司军务，又重新赐予〈尚方宝剑〉。
明兵部尚书兼都察院右都御史领辽东总镇经略：熊廷弼，就借此请出尚方宝剑，调兵二十余万，以兵马、粮草、器械之类责成户部、兵部、工部给出补给。
又请旨让监军道臣高出、胡嘉栋，督饷郎中傅国昭雪，恢复官职，让他们理事。
还建议启用辽人原赞画主事：刘国缙，为〖登莱招练副使〗、明夔州卫指挥同知：佟卜年，为〔登莱监军佥事〕、原临洮推官：洪敷教，为〈兵部职方清吏司主事，充当军前赞画〉用以收拢辽人的心。
这点均被明熹宗予以批准。
此时新任的明兵部尚书兼陕西三边总督：张鹤鸣、明蓟辽总督：王象乾，相继出关与明都察院右佥都御史兼辽东总镇经略：熊廷弼，相遇。
因明新任的明辽东总镇经略：熊廷弼，性格刚毅好斗，且喜欢骂人，故此就与明兵部尚书：张鹤鸣，不合！互相之间产生了一些矛盾。
反倒是认为明广宁卫巡抚：王化贞，知书达礼，所以极度信任王巡抚，但是王巡抚本身就是个庸才，喜欢说大话，而且王巡抚所建议的事情张尚书几乎全都同意，根本不受熊总镇经略的节制。
这样一来熊总镇经略、王巡抚两人的矛盾，就日益加深了，也为边疆安全埋下了重要隐患。
又加之二人的守御方针不同，王巡抚主张分兵把守要害，熊总镇经略则主张集兵把守广宁卫一带，因此两人遂有间隙，进而互相抵牾。
再加上明广宁卫巡抚主战，明辽东总镇经略却主守，却反而遭到了明兵部尚书及朝中大臣们多偏袒王巡抚。
7月11日，明惜薪司太监：魏忠贤，唆使给事中：霍维华，私自上奏弹劾明司礼监秉笔太监：王安，让其降为〈南海子净军，既～南苑〉，而以明宝钞司太监：刘朝，为［南海子提督］在暗自挑唆其斩杀明南海子净军：王安。
故此明南海子提督：刘朝，刚到任后，就绝了明南海子净军：王安，的饮食，使得明南海子净军只得取篱园中的萝卜吃，三日内任然不死。
7月11日，因明辽东总镇巡抚：薛国用，辞职告养职位改由明广宁卫巡抚：王化贞，代替。
9月17日，当时正值辽东都指挥使司用兵之际，而西南土司兵骁勇善战可便于征调，因此明兵科右给事中：明时举、明都察院四川道监察御史：李达，就征调川军永宁卫以及永宁宣抚使司土司兵也一同援辽。
其中明永宁宣抚使：奢崇明，与长子明永宁卫指挥使：奢寅，早有反叛之心，因此借机会出兵3万人请行，先派其女婿明永宁宣抚使司佥事：樊龙，及弟明永宁卫镇抚使：樊虎、明永宁宣抚使司同知：张彤，等部将领带兵2万至重庆卫附近驻守。