2月初9日，叛军水西土司统领：安邦彦，率军包围了贵州宣慰使司贵阳府，还声称要从湖广承宣布政使司辰州府与常德府、荆州府，以挑衅湖广行都指挥使司驻军，在直抵中原地区。
此举就让宝庆府、靖州、保靖州军民宣慰使司、长沙府、岳州府，一带为之震惊。
一时之间贵阳府境内明军兵力空虚，纷纷发出书信求援，仅有明贵州总镇巡抚：李枟、明都察院贵州道监察御史：史永安，督率军民坚守孤城。
明铜仁府总兵：张彦芳，听闻消息后急率兵2万人赶赴救援，却被叛军诱败于龙里卫。
2月17日，暂代的明辽东总镇经略兼兵部尚书：张鹤鸣，到宁远卫后下令全城盘查抓捕间谍，并且极力拉拢漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗：孛儿只斤·林丹汗巴图尔（虎墩兔）、漠南蒙古内喀尔喀乌济叶特部首领：孛儿只斤·舒哈克卓里克图（炒花）、漠南蒙古内喀尔喀五部首领兼翁吉喇部大汗：孛儿只斤·斋赛，等漠南蒙古诸部，希望能够得到他们支持收复失地。
另一方面对于前任熊总镇经略却依旧上奏痛骂过错，实际上熊总镇经略根本无实权，因此明刑科左给事中：刘弘化，就为熊总镇经略上奏辩论，却被批奏罚俸禄。
随后明都察院山西道监察御史：江秉谦、明南直隶都察院司务：何荐可，继续反驳辩论，但依旧被明辽东总镇经略兼兵部尚书：张鹤鸣，给弹压下来并贬去两人官职。
这导致了群臣们的愤怒，明都察院河南道监察御史：谢文锦、明刑科给事中：惠世扬、明礼科左给事中：周朝瑞、明兵科右给事中：萧良佐、明吏科给事中：侯震旸、明工科给事中：熊德阳，等交章极论，请用明世宗兴亲王嘉靖肃皇帝：朱厚熜，戮明兵部尚书兼督团营：丁汝夔、明神宗万历显皇帝：朱翊钧，逮明兵部尚书：石星，的故事，要求与王总镇巡抚一样处理。
但明兵部尚书依旧诋毁熊廷弼说他犯有丢失疆域之罪，由明内阁首辅：刘一燝、明吏部尚书：周嘉谟，党庇不令出关所致，因诋言者为明内阁首辅鹰犬，且愤言道“祖宗故事，大司马（指～张总镇经略）不以封疆蒙功罪。”
于是明礼科左给事中也带头复弹劾，并由明都察院湖广道监察御史：周宗文，罗列其八罪，但明熹宗：朱由校，却不问罪。
不过也让明兵部尚书有些羞愧难当，不久便卧病在床。
3月初8日，明熹宗下令简选精兵，训练于皇宫大内，此事被明司礼监掌印太监：魏忠贤，给总揽下来并按照京军与东厂锦衣卫组织起一批军队，专门训练冷兵器与火器。
每次训练之时，都由明司礼监掌印太监：魏忠贤，手持令旗，三军悉听其指挥，其后内操火器兵增至万人，穿甲出入，金鼓之声震动宫内外。
3月18日，明户、工、兵，三部左侍郎：王在晋，代熊廷弼以及张尚书为〈兵部尚书兼都察院右副都御史，领辽东总镇经略〉另外又负责节制；蓟州镇、天津三卫、登州府（登州卫、莱州府（莱州卫）的海防军务，明熹宗特赐其蟒袍玉带和尚方宝剑。
新任的明兵部尚书兼都察院右副都御史领辽东总镇经略：王在晋，当时分析关外形势说道“东事离披，一坏于清河堡、抚顺守御千户所，再坏于开原卫、铁领卫，三坏于辽阳卫、沈阳中卫，四坏于广宁卫等地，初坏为危局，再坏为败局，三坏为残局，至于四坏，乃捐弃全辽，则无局可布矣！逐步退缩之于山海卫关内，此后再无一步可退。”
此外明辽东总镇经略：王在晋，还评价道“之前毛参将收复镇江堡，擒缚叛贼佟养真，致使辽南四卫震动，人心响应，闻报之日，缙绅庆于朝，庶民庆于野，是自清河堡、抚顺守御千户所失陷以来，费千百万金钱，萃十数万兵力，不能擒其一贼。此一捷也，真为空谷之音，闻之而喜可知也。“
然而明兵部尚书：张鹤鸣，视察辽东都指挥使司复命时，却说“自辽患以来，总镇经略死难系狱，累累匪一，今日总镇经略，难于前日之总镇经略万备矣，王总镇铁骨赤心，雄才远略，识见如照烛观火，肩重如迎刃理丝，但秉正不阿，人醉独醒，独臣于明初（王在晋字）两人耳～王明初不足惜，如辽事何，此今日酿辽事大祸根也，此臣不顾嫌疑，不顾仇害，为国家大计而吐肝胆于陛下之前也。”
可以说对王总镇经略推崇备至。
就连明蓟辽总督：王象乾，也上奏建议王总镇经略宣称“得广宁卫不能守也，获罪滋大，不如重关设险，护山海卫，以佑京师。”
于是明辽东总镇经略就以「抚虏、堵隘」守山海卫的方略，在《题关门形势疏》中，写道；画地筑墙，建台结寨，造营房，设公馆，分兵列燧，守望相助。
他认为高岭有乘墉之势，斗城如锅底之形，昔武侯云地势兵者之助也，不知战地而求胜者，未之有也，奴有战地，而我无守地。山海一关不过通夷贡夷之道，严远戍之防有两河为保障，何夷虏之足忧。而今且以为冲边绝塞，此岂有形之天堑，成不拔之金汤者哉。臣与同事诸臣谋之，有欲筑敌楼，先居高山、高岭者。夫敌楼孤峙，能击远不能击近，倘为贼所乘，则益助其凭高博击，而我失其所控御矣。有为再筑边城从芝麻湾起，或从八里铺起者，约长三十里，北绕山，南至海，一片石统归总括，角山及欢喜岭悉入包罗，如此关门可恃为悍蔽。
因此明兵科右给事中：周希令，建议要五百万两银子当做防御经费，而明兵科左给事中：沈应时，则建议筑起边城为山海卫的屏蔽。