10月初5日，明毅宗信亲王：朱由检，又以赞襄典礼（协助完成登基大典）和东江镇战功（在丁卯之役中抗金的战功）为名，给明司礼监掌印太监兼东厂提督：魏忠贤、明司礼监秉笔太监：王体乾，等宦官们赏赐子孙为北镇抚司锦衣卫世袭官职。
又在一定程度上打消了阉党他们的疑虑，也重重地麻痹了他们。
10月初7日，明毅宗经过与礼部官员们商议之后，追赐大行皇帝谥号为「天启哲皇帝」，上庙号［熹宗］葬于〈德陵〉。
10月25日，就遇到了中立派官员明工部主事：陆澄原、明吏部主事：钱元悫、明刑部员外郎：史躬盛，三人纷纷上奏弹劾九千岁魏公公祸害忠良，无视朝廷法律之举。
但都被明毅宗给一一打压下来了，留中不发。
10月27日，又有明北直隶国子监充贡生：钱嘉征，上奏细数魏公公十大罪状；其一并帝，封章必先关白，至称功颂德，上配先帝，及奉谕旨，必云朕与厂臣，从来有此奏体乎？其二蔑后！皇亲国丈明太康伯：张国纪，未罹不赦之条，先帝令忠贤宣皇后，灭旨不传，致皇后于御前面折逆奸，遂罗织皇亲，欲致之死，敕先帝神明，祇膺薄愆，不然中宫几危！其三弄兵，祖宗朝不闻内操，而厂公外协臣子，内逼宫闱，操刀禁苑之中。其四无二祖列宁，高皇帝垂训，中涓不许干预朝政，及厂公一手障天，仗马辄斥，虿毒缙绅，蔓连士类，凡钱谷衙门，边腹重地，漕运咽喉，多置腹心，意欲何为。其五克剥藩封，三王之国，庄田赐赉，不及福藩之一，而厂公封公侯伯之土田，捡选膏腴，不下万顷。其六无圣，先师为万世名教主，厂公何人？敢祠太学之侧。其七滥爵，古制非军功不侯，厂公谒天下之物力，佐成三殿，居然袭上公之爵，靦不知省。其八邀边功，建虏犯顺以来，堕名城、歼士女，杀大帅，神人共愤，今未恢复尺寸地，宁远卫稍捷，袁巡抚功未克终，席不及暖，而厂公则冒封侯伯，假广宁卫复归版籍，又何以酬之乎？其九朘民脂膏，州府县请祠不下百余，计祠费不下五万金，敲骨剥髓，孰非国家之膏血。其十通同关节，顺天府乡榜，二十六日拆卷，而二十四日崔铎贴出，复上贤书，其夤缘要挟，不可胜数，疏上报闻。
此本奏折一经传上，立刻就引起了明毅宗的广泛注意，他看着奏本文章读之心动，连忙召来九千岁魏公公，在手持此奏本由身旁宦官宣读之。
并且每读一句，就会问九千岁是否有此事？但九千岁也只能伏地叩首不敢反驳，因为压根没用！人称〈击奸第一声〉，可尽管如此明毅宗还是迟迟没有动手。
10月28日，漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗：孛儿只斤·林丹汗巴图尔（虎墩兔）以漠南蒙古察哈尔部八鄂托克之一的漠南蒙古多罗特部留守故地，自己则亲率数万铁骑西迁。
然而在西迁途中漠南蒙古右翼诸部，如；漠南蒙古哈喇慎部、漠南蒙古土默特部、漠南蒙古鄂尔多斯部、漠南蒙古永谢布部，等部落，均不是漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗的对手。
因此漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗就以秋风扫落叶之势，迅速击溃了驻守在大明帝国万全都指挥使司宣府镇外，大元蒙古帝国上都故地归化城的漠南蒙古哈喇慎部、漠南蒙古土默特部。
经过数次战役后，很快就在漠南蒙古右翼诸部中立足。
同时大明朝堂内的九千岁魏公公非常恐惧，不知道何时会被皇帝下死手，他急忙用重金前去贿赂原本结为兄弟的信王府宦官，明司礼监掌司：徐应元，希望他能够解救自己。
怎料明司礼监掌司竟对魏公公说道“尔若想避祸，就应该向陛下禀报，辞去你的职位。”
11月初1日，在明毅宗还没动手之际，九千岁魏公公就首先提出来辞职报告，这次明毅宗直接满口答应，一句客套话也不讲！
随后在一切准备妥当之后，就正式下旨将魏公公之罪昭告于世，为了惩罚他，就贬魏忠贤去南直隶中都留守司凤阳行都督府孝陵卫祖陵管理香火。
包括明奉圣夫人：客印月，被送进浣衣局做苦力，以及部分阉党厂卫均被收押入北镇抚司诏狱。
然而魏公公虽然被调去南直隶中都留守司凤阳行都督府，但临走前的阵仗规模却很大，依然有一千名护卫随行，还有几十辆大车装载物品（金银珠宝以及服饰用品等）而且还带着大量随从，威风丝毫不减。
因此11月初4日，明毅宗就以魏公公为「将素畜亡命之徒，而身带凶刃，不胜其数，环拥随护，势若叛然」为由，下令将其逮捕至京师。
11月初7日，行至北直隶河间府阜城县的，魏公公就从阉党成员明顺天府治中：李朝钦，那里提前得知了陛下要捉拿他回京问罪这个旨意，故此两人在痛饮一番后，便双双自缢而死。
其后北镇抚司锦衣卫缇骑来到时，按口谕将其磔尸，并把首级悬挂于河间府城楼之上，就连魏公公其侄明宁国公：魏良卿，也被北镇抚司锦衣卫缇骑在京师抓捕。