乱民先后杀死明安庆卫指挥使：陈越、明黄州府判官：陈策，使得朝廷惶恐不安！遂命令湖广都指挥使司各地卫所和南直隶五军都督府调集大批军队，分兵进剿围攻梅堂军。
2月初3日，梅堂军首领：刘汝国，被明军围困在安庆府地区，让太湖县乡兵：张惟忠，给抓获献俘明军斩于安庆卫指挥所，部众二百五十余人全部遇难，此次梅堂军造反失败。
7月21日晚上戌时，南直隶苏州府、松江府，等地东风怒卷，导致太湖水涨潮高达二丈，大风拔木仆屋，田禾皆被淹没。
7月27日又有大雨昼夜不绝，使得禾苗腐烂！庐舍漂没，居民大饥，复又起大疫，迫使米价暴涨，斗米白银二钱、斗麦白银一钱。
时人啖糠屑，以豆饼作粥，继而又以草根树木为食，饥民尸体甚多，饿殍填塞，街巷濠堑浮死遍野，舟船皆不能行，城内外积骸如山。
朝廷不得不下发南直隶各部衙门库银，用来赈灾安民以定人心。
8月初2日明孟密宣抚使：思忠、明蛮莫安抚使：思顺，又继续私下叛投缅甸军民宣慰使司东吁王朝。
由于这两人已经彻底潜逃到缅甸军民宣慰使司东吁王朝去了，故此朝廷就让思忠的母亲：罕洪，思顺的母亲：罕送，代替他们的儿子领关防印章。
两人还带领缅军在9月初7日，北上入侵占领了孟密宣抚使司，打算威逼莫蛮安抚使司。
9月20日因明甘肃总镇总兵：刘承嗣，约束太严，时常鞭挞部下，饷银又不按时供给，惹得部众遂反抗起事，持刀欲杀明甘肃总镇巡抚：曹子澄，以此来要挟陕西行都指挥使司都司府发放军饷。
朝廷得知后立刻罢免了明甘肃总镇巡抚：曹子澄，和明甘肃总镇总兵：刘承嗣，的官职发放去陕西行都指挥使司肃州卫边疆。
10月初4日，明都察院右都御史兼总督河道：潘季驯，建议河防八事，上奏道“一；久任部臣，说水性有顺逆，河情有分合，地势有险夷，只有久任才能熟悉情况。二；责成长令，说理河如理家，今沿河州县长犹家长，调集夫役，备办物料，宜有专责，州府县官亦有总理之责。三；禁调官夫。四；预定工科。五；立法增筑。六；添设堤官。七；加帮填土。八；接筑旧堤。”
这八条治理黄河、长江，决堤之道均被明神宗：朱翊钧，批准录取。
明万历十七年公元1589年3月初9日，因以往被升任授的官员皆需要入朝觐见皇帝陛下，当面叩头谢恩。
然而久不视朝的明神宗：朱翊钧，却再一次令内官传旨道“奏对数多，不耐劳剧，不临朝视政。”
并传令免去在京升任授官的面谢礼，此后明神宗视朝越来越少！
3月16日因云南承宣布政使司永昌军民府地方，之前招募了川、楚、粤，三处亡命之徒为兵，分立在腾冲卫、姚安中屯守御千户所两营。
以明大理府副总兵：刘綎，统领腾冲卫军营，明楚雄府副总兵：邓子龙，统领姚安中屯守御千户所军营。
由于结果两营主帅持功骄傲不服对方，再加上管理范围有冲突，导致两营发生斗殴事件，地方官员上报朝廷明神宗又因二将皆有功而视之不见。
仅仅只是把刘副总兵调走，换了明永昌军民府副总兵：刘天俸，上任他本人属于地方土司血统再加上性格暴躁，经常放纵士兵欺负百姓被抓。
于是就让明楚雄府副总兵：邓子龙，来兼管两营，但明楚雄府副总兵却偏袒自己的老部下姚安中屯守御千户所军营，苦的累的活都让腾冲卫军营来做。
吃饭的时候姚安中屯守御千户所军营的膳食，更是腾冲卫军营的两倍，结果导致姚安中屯守御千户所军营养成了骄奢的习惯，因索要军饷不成而造反，叛军毕竟是职业军人，所以战斗力极其强大。
在教场上面树起大旗，杀掠居民，抢夺马匹，声称要赏银，并聚众一路往西杀入永昌军民府永平县因城门尽闭不得入，再加上大理府大罗卫、洱海卫，两处明军追击而来，迫使叛军转入大理府太和县，沿途剽掠军民。